Considerato in fatto:
– che l’ARPA del Veneto indiceva una gara ufficiosa per l’acquisizione in economia di un cromatografo con il sistema dell’offerta economicamente più vantaggiosa;
– che la legge di gara prevedeva 60 punti per il profilo qualitativo e 40 punti per l’offerta economica, stabilendo l’esclusione delle concorrenti che non avessero raggiunto il punteggio minimo di 35 punti per l’offerta tecnica;
– che , a seguito di esclusione per mancato raggiungimento del punteggio minimo, la Portlab impugnava con ricorso straordinario al Capo dello Stato ,poi trasposto in sede giurisdizionale a seguito di opposizione dell’ARPA, il provvedimento di esclusione e gli atti della procedura, assumendo che i criteri di valutazione dell’offerta tecnica prevedevano l’attribuzione di ben 24 punti a caratteristiche dello strumento che si identificavano nell’utilizzo di brevetti industriali nella titolarità della ditta Dionex s.p.a., risultata aggiudicataria, senza alcun riferimento al principio di equivalenza, così violando il principio dell’art. 68 del Codice dei contratti pubblici, applicabile anche ai contratti sotto soglia;
– che il Tar dichiarava inammissibile il ricorso per mancata tempestiva impugnazione della lettera di invito, sul rilievo che la idoneità dei criteri indicati ad impedire il raggiungimento del punteggio minimo dell’offerta tecnica e la mancanza della clausola di equivalenza erano noti fin da tale atto e che il provvedimento di esclusione si configurava come mera conseguenza dell’applicazione di una previsione di per sé lesiva;
– che l’interessata proponeva appello, sostenendo che la legge di gara non poneva alcuna preclusione esplicita tale da onerare gli interessati di immediata impugnazione, assicurando tuttavia modalità di valutazione tali da produrre un vantaggio assoluto per Dionex; riproponeva , quindi , il motivo non esaminato dal primo giudice chiedendo , in riforma della sentenza gravata, l’annullamento dei provvedimenti impugnati;
– si costituiva l’ARPA del Veneto , insistendo nella conferma della statuizione di inammissibilità del ricorso per mancata impugnazione della lettera di invito e dell’aggiudicazione, per mancanza di procura alle liti nel ricorso straordinario, per inammissibilità dei motivi dell’originario ricorso, per mancata notificazione al domicilio reale di ARPAV e, comunque, sosteneva l’infondatezza nel merito del ricorso per non essere state indicati marchi Dionex, ma solo modalità di funzionamento dell’apparecchio, peraltro possedute anche dalla ricorrente, e per essere il criterio di equivalenza sotteso al tipo stesso dei requisiti, di natura funzionale, del tutto ragionevoli.
Considerato in diritto:
1. Merita accoglimento il motivo di appello con cui si censura la dichiarazione di inammissibilità del ricorso per non avere il ricorrente tempestivamente impugnato la lettera d’invito.
In merito alla sussistenza dell’onere di immediata impugnazione del bando o della lettera d’invito, il Collegio non può che richiamare l’ormai consolidata giurisprudenza, a partire dalla decisione dell’Adunanza Plenaria del Consiglio di Stato n. 1 del 2003, per la quale, ricollegandosi l’onere di impugnazione ad una lesione immediata, diretta ed attuale e non solo potenziale dell’atto, esso sussiste solo allorquando il bando contenga clausole impeditive dell’ammissione dell’interessato alla selezione. Di conseguenza, le clausole del bando o della lettera di invito che onerano l’interessato ad una immediata impugnazione sono quelle che prescrivono requisiti di ammissione o di partecipazione alla gara, in riferimento sia a requisiti soggettivi che a situazioni di fatto, la carenza dei quali determina immediatamente l’effetto escludente, configurandosi il successivo atto di esclusione come meramente dichiarativo e ricognitivo di una lesione già prodotta.
Applicando tali principi al caso di specie, non può non constatarsi come la prescrizione delle caratteristiche tecniche della "tabella punteggi qualità" , contenuta nell’allegato F alla lettera d’invito, non abbia precluso alla ricorrente la partecipazione alla gara , ma le abbia, in fase di valutazione dei profili tecnici del prodotto offerto, impedito di raggiungere il punteggio minimo attribuibile all’offerta tecnica necessario perché potesse essere valutata anche quella economica.
L’effetto lesivo concreto ed attuale è allora da ricollegare direttamente all’esclusione, quale conseguenza del mancato raggiungimento del punteggio minimo, evento che, al momento della partecipazione, alla concorrente poteva non apparire affatto scontato (prova ne è che la concorrente ha riportato il punteggio di 34,5 punti, inferiore di poco al punteggio minimo richiesto, pari a 35 punti).
Ne discende che sulla concorrente non gravava alcun onere di impugnazione immediata della lettera d’invito e che ammissibile e tempestiva può considerarsi la sua impugnazione unitamente al provvedimento di esclusione concretamente lesivo del suo interesse.
2. Quanto alle altre eccezioni di inammissibilità non esaminate dal primo giudice, ma riproposte dall’appellata, esse sono da respingere poiché:
– l’aggiudicazione provvisoria e quella definitiva sono state impugnate con il ricorso di primo grado , sebbene non per vizi propri ma meramente derivati dall’illegittimità della lettera d’invito;
– il ricorso straordinario al Presidente della Repubblica reca , a margine, la procura speciale all’avv. Della Porta (doc. 7 fasc 1° grado);
– rientra nelle facoltà della difesa la prospettazione del fatto e rispetto a tale profilo i motivi di ricorso straordinario appaiono pienamente ammissibili;
– l’atto di costituzione dinanzi al Tar risulta notificato sia presso la sede dell’ARPA (Padova, Via G. Matteotti, n. 27 e Via Rezzonico ,n. 37) sia presso il domicilio eletto presso il difensore.
3. Nel merito, l’appello è fondato.
Dalla dichiarazione di privativa industriale della Dionex , agli atti del fascicolo di primo grado, risulta che alcune delle caratteristiche del prodotto assistite da brevetto sono identiche a quelle ricomprese nella tabella costituente l’allegato F. Ci si riferisce, in particolare, alla caratteristica A-6 "Generazione elettrolitica dell’eluente" che la Dionex descrive come oggetto di privativa industriale; alle caratteristiche racchiuse al punto E "Requisiti del sistema di soppressione", corrispondenti a quelle indicate al terzo punto della dichiarazione di privativa. Pur essendo vero che la descrizione della tabella non contiene alcun riferimento al marchio della Dionex, tuttavia essa riproduce caratteristiche esclusive del suo prodotto.
Ai sensi dell’art. 68, comma 13 del codice dei contratti pubblici, le specifiche tecniche non possono menzionare un procedimento determinato, né fare riferimento ad un tipo, ad un’origine o a una produzione specifica che avrebbe come effetto di favorire o eliminare talune imprese o taluni prodotti. Una deroga è ammissibile solo quando il riferimento sia indispensabile ad individuare l’oggetto dell’appalto, ma in tale caso la descrizione deve essere accompagnata dall’espressione "o equivalente".
L’indicazione delle caratteristiche deve quindi essere effettuata in relazione ad elementi significativi per distinguere l’oggetto della fornitura, ma non può essere utilizzata con lo scopo di determinare una discriminazione a favore o contro imprese produttrici di determinati beni e quando le specifiche tecniche si riferiscono ad un particolare prodotto (pur senza indicarne il marchio) esse devono essere corrette mediante la puntualizzazione di equivalenza.(Cons. St. sez. V, 24.7.2007, n. 4138; 6.12.2010, n. 8543; Sez. VI, 11.3.2010, n. 1443).
Nel caso che occupa, le specifiche tecniche sono, come visto, per buona parte plasmate su quelle del prodotto coperto da brevetto senza che siano accompagnate dalla clausola "o equivalente".
Ne discende la violazione dell’art. 68, comma 13 del d.lgs. n. 163 del 2006 oltre che dei principi in materia di par condicio e di non discriminazione nelle gare.
L’appello va quindi accolto.
Sussistono tuttavia giusti motivi per compensare le spese del doppio grado di giudizio.

P.Q.M.
Il Consiglio di Stato in sede giurisdizionale (Sezione Quinta)
definitivamente pronunciando sul ricorso, come in epigrafe proposto, accoglie l’appello e per l’effetto, in riforma della sentenza impugnata, accoglie il ricorso di primo grado.
Dispone la compensazione delle spese del doppio grado di giudizio.
Ordina che la presente sentenza sia eseguita dall’autorità amministrativa.
Così deciso in Roma nella camera di consiglio del giorno 14 gennaio 2011 con l’intervento dei magistrati:
Stefano Baccarini, Presidente
Carlo Saltelli, Consigliere
Adolfo Metro, Consigliere
Francesca Quadri, Consigliere, Estensore
Doris Durante, Consigliere
DEPOSITATA IN SEGRETERIA IL 04 MAR. 2011.